Interiér kostola je prevažne gotický: cyklus tabuľových malieb hlavného oltára sa datuje do r. 1450 – 1460, bočný oltár Apoštolov je z r. 1470 – 1480, bočný oltár sv. Kataríny pochádza z r. 1493, reliéf korunovania Panny Márie z bočného oltára vznikol po r. 1500, krstiteľnica je z r. 1472, stallum majstra Simona z r. 1469 a senátorská lavica Hansa Tischlera z r. 1518. Centrálny výjav dnešného hlavného oltára – ukrižovaný Kristus – stál pôvodne na prekladovom stropnom tráme v strede kostola a na hlavný oltár sa dostal až r. 1868. Ide zrejme o najvzácnejšiu časť kostola – predpokladá sa, že je to dielo z dielne krakovského majstra Víta Štosa z konca 15. stor., ale nevylučuje sa ani raná práca majstra Pavla – odpoveď na otázku dá výskum.
Raritou sú dva chóry a organy. Menší organ z r. 1651, dielo Bartolomeja Fromma - dodnes po oprave funkčný – patrí k najcennejším svojho druhu na území Slovenska. V kostole je viacero kamenných náhrobkov zo 16. - 18. stor. - najstarší z r. 1520 patrí hradnému kapitánovi Krištofovi Varkočovi. Naľavo od oltára je hrobka rodiny Thököly z čias, keď kostol patril protestantom (1531 – 1673, 1678 – 1687 a 1705 – 1709). K veľkej stavebnej – barokovej úprave kostola došlo v polovici 18. storočia. V priebehu 19. a 20. stor. sa kostol viackrát opravoval. R. 1998 bol kostol povýšený na Basilicu Minor – prvú nemariánsku baziliku na Slovensku.
Pre ďalšie informácie (otváracie hodiny, expozície, vstupné...) si pozrite stránku basilicy v adresári
