Der Hauptaltar des Hl. Kreuzes war ursprünglich spätgotisch und stammt aus der Zeit um die Jahre 1450 – 1460. Die Altarbilder, die den Passionszyklus darstellen, wurden im Jahre 1639 übermalt. Der zerlegte Altar wurde danach wieder zusammengebaut und im Jahre 1868 nahm er die Elemente der neogotischen Altararchitektur an, die auch um die ursprünglich gotischen Bestandteile bereichert wurde. In der Mitte des Flügelaltars befindet sich die Kalvariengruppe mit der Zentralplastik des Christus am Kreuz. Dieses Kreuz wird seit langem von Touristen, Gläubigen, Priestern und Kirchenhierarchie bewundert. Sein Autor ist zwar unbekannt, aber die hervorragende anatomische Bearbeitung, der Reichtum der Draperie und Charakter der Schnitzarbeit erinnern an die Werke des Nürnberger und Krakauer Holzschnitzers Veit Stoß. Die Malereien sind die Werke eines unbekannten Autors, der die damalige deutsche und flämische Kunst sehr gut kannte. In dem Heiligtum befinden sich heute auch drei einzeln stehende spätgotische Plastiken: Mann der Schmerzen (Vir dolorum), der Hl. Erzengel Michal und die Hl. Katharina.
In den Vorderteilen der Seitenschiffe findet man die ursprünglichen gotischen Tafelaltäre der Hl. Apostel und der Hl. Katharina, bei denen die Altararchitektur des 19. Jahrhundert dominiert.
Das spätgotische Relief der Krönung der Jungfrau Maria, das in der lokalen Werkstatt hergestellt wurde, befindet sich beim Hauptportal – in der Mitte des Altars aus dem Jahre 1911. Andere Altäre in der Kirche sind neogotisch und stammen aus dem Ende des 19. und Anfang des 20. Jahrhunderts. Bei dem Hauptportal befindet sich auch spätgotische Statue der überlebensgroßen Madonna mit Kind aus dem Anfang des 16. Jahrhunderts.
Die Sakristei stammt noch aus der Zeit des ersten Umbaus der Kirche um das Jahr 1320. Über sie befindet sich eine spätgotische Empore. Ihre Öffnungen in der Form der hohen Arkaden verbinden sie mit dem Hauptschiff.
Von der großen Orgel aus dem Jahre 1641 ist nur ein imposanter Schrank erhalten geblieben. In ihm befindet sich das dreimanualige Instrument Opus 2213 mit 36 Registern, das in den 20er Jahren des 20. Jahrhunderts von der Firma Rieger – Krnov hergestellt wurde.
Der hintere Teil des Nordschiffes verbirgt ein Juwel: reich geschnitztes Stallum von Meister Simon aus dem Jahre 1469. Die Senatorenbank, die man im Hauptschiff unter dem Chor findet, stammt nach der Signatur aus dem Jahre 1518. Auf ihrer Brüstung sind beachtenswerte manieristische Malereien der Musikerinnen abgebildet.
Im Nordschiff befindet sich an einer Säule die spätgotische Statue des Hl. Sebastians aus der Zeit um 1500. In derselben Werkstatt wurde auch die Statue des Hl. Nikolaus verfertigt. Die findet man in dem sog. Gottesgrab im Nordschiff. Der große Rokoko-Beichtstuhl stammt aus dem Jahre 1781. Der große Messingluster aus dem Jahre 1664 wurde der Kirche vom Kesmarker Bürger Zacharias Guttsmittel geschenkt.
Im Jahre 1998 verlieh der Papst Jan Pavol II. der Kirche den Titel der Niederen Basilika (Basilica minor).
